测序技术

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【专题】基因组学技术专题(一)——测序技术

经验分享YellowTree 发表了文章 • 0 个评论 • 4597 次浏览 • 2015-08-11 22:10 • 来自相关话题

【声明】本文未经许可,禁止转载!
这是以前我发在自己博客上的一篇文章(已被各种形式地转载了非常多次),虽然已是旧文,但做了些修改之后还是打算将其作为“基因组学技术分享”这个系列的开头,就如同测序是基因组学研究与发展的开头一样。

这个故事要从1977年Sang...
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能否从NIPT检测数据中分辨出胎儿存在三体(T21,T18或T13)异常的染色体亲本来源?

医学案例YellowTree 回复了问题 • 2 人关注 • 1 个回复 • 474 次浏览 • 2017-01-23 10:36 • 来自相关话题

illumina的新测序仪中,Hiseq 3000 和Hiseq 4000 的数据产量和质量是怎么样的?

测序与实验YellowTree 回复了问题 • 2 人关注 • 1 个回复 • 1102 次浏览 • 2015-08-19 22:59 • 来自相关话题

【专题】基因组学技术专题(一)——测序技术

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这个网站非常好!给fastq序列的QC做了个总结

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经验分享fungenomics 发起了问题 • 1 人关注 • 0 个回复 • 750 次浏览 • 2015-06-18 09:35 • 来自相关话题

为什么大插入片段(2k, 5k, 20k 等)的DNA文库的原始下机Fastq数据duplication比较高?

问答互助YellowTree 回复了问题 • 3 人关注 • 1 个回复 • 1117 次浏览 • 2015-06-05 00:28 • 来自相关话题

[转]测序量估计

测序与实验YellowTree 发表了文章 • 1 个评论 • 519 次浏览 • 2015-05-03 04:15 • 来自相关话题

【说明】这是一篇自我转载:YellowTree – STbioinf|测序量估计 

考虑这样一个问题,“如果要保证基因组...
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这种由测序带来的duplication往往都是因为要达到足够的上机测序浓度所引入的,一般就是多进行了几轮PCR,使得扩增后的DNA浓度达到上机测序要求。而这些扩增过程就是duplication的来源。你这里的高duplication rate应该也和这个有关。
这种由测序带来的duplication往往都是因为要达到足够的上机测序浓度所引入的,一般就是多进行了几轮PCR,使得扩增后的DNA浓度达到上机测序要求。而这些扩增过程就是duplication的来源。你这里的高duplication rate应该也和这个有关。
关于Hiseq 3000 和 Hiseq 4000的数据情况,illumina的官方其实也有公布。下面我简单列举一下在实际生产过程的获得的数据情况。
 
[b]1. 首先是产量[/b]
** 插入的附件 **
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关于Hiseq 3000 和 Hiseq 4000的数据情况,illumina的官方其实也有公布。下面我简单列举一下在实际生产过程的获得的数据情况。
 
[b]1. 首先是产量[/b]
** 插入的附件 **
也就是说一台Hiseq 4000,相当于4台Hiseq 2000的产量,TAT(Turn around time)时间却只有Hiseq 2000的40%,所以综合来讲,在相同的时间条件下,一台Hiseq 4000的数据产量相当于10台Hiseq 2000!!差别还是相当显著的。之所以Hiseq 4000能如此之多且快,据说是因为Illumina开发出一种称为“ExAmp cluster Chemistry”的技术改良了其原来的测序FlowCell,使得相同大小的FlowCell上能够长出更为密集的测序Cluster,从而提高了数据的产量。

[b]2. 数据质量[/b]
本来,越密集的测序Cluster本应会在一定程度上牺牲总体的测序质量,但这个现象在Hiseq 4000上却没发现,可见illumina还是相当有技术实力的。虽然它在官网上所公布的关于Hiseq 4000的数据质量中为75%左右的数据质量在Q30以上,但我们在实际中发现,数据质量在Q30以上的占到了80%-90%!!可见它官网上所公布的数据还是比较保守的。
 
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illumina的新测序仪中,Hiseq 3000 和Hiseq 4000 的数据产量和质量是怎么样的?

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为什么大插入片段(2k, 5k, 20k 等)的DNA文库的原始下机Fastq数据duplication比较高?

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考虑这样一个问题,“如果要保证基因组...
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