illumina的新测序仪中,Hiseq 3000 和Hiseq 4000 的数据产量和质量是怎么样的?

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关于Hiseq 3000 和 Hiseq 4000的数据情况,illumina的官方其实也有公布。下面我简单列举一下在实际生产过程的获得的数据情况。
 
1. 首先是产量
Hiseq3000:400_Data_produce.png

也就是说一台Hiseq 4000,相当于4台Hiseq 2000的产量,TAT(Turn around time)时间却只有Hiseq 2000的40%,所以综合来讲,在相同的时间条件下,一台Hiseq 4000的数据产量相当于10台Hiseq 2000!!差别还是相当显著的。之所以Hiseq 4000能如此之多且快,据说是因为Illumina开发出一种称为“ExAmp cluster Chemistry”的技术改良了其原来的测序FlowCell,使得相同大小的FlowCell上能够长出更为密集的测序Cluster,从而提高了数据的产量。

2. 数据质量
本来,越密集的测序Cluster本应会在一定程度上牺牲总体的测序质量,但这个现象在Hiseq 4000上却没发现,可见illumina还是相当有技术实力的。虽然它在官网上所公布的关于Hiseq 4000的数据质量中为75%左右的数据质量在Q30以上,但我们在实际中发现,数据质量在Q30以上的占到了80%-90%!!可见它官网上所公布的数据还是比较保守的。
 
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